Proses pelaksanaan Penjaminan Mutu Internal dilaksanakan ditingkat universitas,fakultas,dan program studi. Penjaminan mutu di tingkat universitas dilaksanakan oleh Lembaga penjaminan Mutu (LJM). Peran dan fungsi LJM ini ialah mengembangkan dan mencanangkan standar tingkat kualitas serta melaksanakan control & monitoring dari berbagai aspek yang mengarah pada pencapaian lulusan UMS yang berkualitas. Secara rinci, deskripsi tugas LJM adalah sebagai berikut: (1) Menyusun rencana strategis pengembangan penjaminan mutu di UMS; (2) Merancang strategi implementasi sistem penjaminan mutu (SPM) di UMS; (3) Merencanakan dan melaksanakan SPM secara keseluruhan di UMS; (4) Membuat perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan SPM; (5) Menjamin dan mengawal implementasi SPM di seluruh unit/fakultas/program studi; (6) Memonitor pelaksanaan SPM dan pengukuran sasaran mutu dan rencana mutu serta evaluasi diri unit/fakultas/program studi; (7) Melakukan audit dan evaluasi pelaksanaan SPM.
Adapun di tingkat UPPS (Fakultas Agama Islam), pelaksana penjaminan mutu dilaksanakan oleh Gugus Penjaminan Mutu (GJM) Fakultas yang berada di bawah LJM UMS dan bertugas untuk melaksanakan fungsi penjaminan mutu secara continue berkoordinasi dengan GJM Pascasarjana. Secara rinci, tugas dari GJM Fakultas adalah sebagai berikut (1) Mengkoordinir penjaminan mutu di tingkat fakultas, (2) Memonitor dan mengevaluasi proses belajar mengajar, (3) Mengontrol kualitas ujian sesuai dengan silabi tiap-tiap mata kuliah, (4) Menjadi panitia tetap ujian di fakultas untuk mengontrol kualitas lulusan, (5) Mensurvei kepuasan layanan akademik mahasiswa, (6) Membantu Dekan/Ketua Program Studi dalam menyediakan data dan menyusun kegiatan akreditasi, (7) Membuat laporan pelaksanaan penjaminan mutu fakultas, (8) Berkoordinasi dengan GJM Sekolah Pascasarjana untuk program studi sekolah pascasarjana.
Proses pelaksanaan Penjaminan mutu di tingkat program studi, dilaksanakan oleh Unit Penjaminan Mutu Prodi yang juga berada di bawah koordinasi GJM fakultas. Adapun pemaparan tugas dari Unit Penjaminan Mutu Prodi adalah (1) Memonitor dan mengevaluasi proses belajar mengajar, (2) Mengontrol kualitas ujian sesuai dengan silabi pada tiap-tiap mata kuliah, (3) Menjadi panitia tetap ujian di program studi untuk mengontrol kualitas lulusan, (4) Mensurvei kepuasan layanan akademik mahasiswa, (5) Membantu Ketua Program Studi dalam menyediakan data dan menyusun kegiatan akreditasi, (6) Membuat laporan pelaksanaan penjaminan mutu program studi.
Berikut Unsur Pelaksana Penjaminan Mutu Prodi MPAI